Второй том сериала. Доктор Финис Фибс запускает злой вирус, чтобы заразить национальную систему защиты, но его перехватывают Шэгги и Скуби-Ду в серии "Умный дом". "Молния ударяет дважды", когда Финис также замышляет ударить Землю электрошоком из космоса, но Скуби-Ду и Шэгги выдают себя за пришельцев, чтобы сорвать вечеринку. В серии "Не кормите животных" Финис замышляет навредить экологии, украв тропические леса. Чад Чаддингтон, самый великий в мире детектив, заявляет, что наши герои не достойны своей профессии, …если не смогут разгадать "Загадку исчезновения детективов"!

Скуби Ду и Меч Самурая и их тайная команда путешествуют по всему миру, чтобы найти какой-нибудь клад, делают круги по Азии и Европе, пытаясь разобраться в древних загадках. Они соревнуются против сильного Черного Самурая и его Армии приведений, чтобы найти Меч Судьбы, ведь именно этот меч удостоен неземных сил. По дороге Скуби Ду и Шагги встречают Мастера Мечей, который учит их Бошидо - пути самурая. Их способности быстро придут в действие против Нинзей Роботов. И в конце, наши измотанные герои понимают, что Бошидо - это лояльность, честь и храбрость, и именно эти понятия, являются ключом к настоящей тайне...