Для урегулирования разросшегося конфликта между Торговой Федерацией и планетой Набу назначены послами двое рыцарей-джедаев. Однако Владыка Ситхов приказывает лидерам Федерации уничтожить послов и приступить к оккупации Набу. Избежав смерти, рыцари вместе с королевой Набу Падме Амидалой убегают с планеты, в надежде добраться до столицы мира планеты-города Корусанта и добиться там правды выступив перед сенатом республики. Вскоре джедаи узнают, что считавшиеся побежденными раз и навсегда Ситхи возвращаются. Не получив поддержки от сената королева Падме с кучкой людей возвращается на Набу, где в ходе дерзкой атаки ей удаётся пленить лидеров Федерации...

Как и все обитатели этого тщательно контролируемого поселения середины XXI века, Линкольн Шесть-Эхо надеется оказаться среди тех, кого отправят на «Остров» - якобы последнее незагрязненное место на планете. Но случайно Линкольн узнаёт, что он, и все остальные жители поселения - не кто иные, как человеческие клоны, чье единственное предназначение - обеспечивать своих людей-двойников «запасными частями». Понимая, что рано или поздно наступит и его черед, он вместе с подругой по несчастью, Джордан Два-Дельта решаются на отчаянный побег...

Прошло долгих 10 лет после событий, описанных в первом фильме знаменитой саги. Республика все глубже погружается в пучину противоречий и хаоса. Сепаратисты, представленные сотнями небесных тел и могущественным альянсом корпораций, норовят стать новой угрозой для Галактики, с которой не могут совладать даже джедаи. Зреет конфликт, спланированный могущественными силами, который ведет к началу Клонических войн. Чтоб препятствовать угрозе, Высший канцлер Палпатин отдает приказ о создании республиканской армии для помощи малочисленной команды джедаев в их борьбе с превосходящим противником.

Прошло долгих три года. Война Клонов близка к завершению. Энакин окончательно встает на темную сторону силы и превращается в Дарта Вейдера. Республика гибнет под ударами крепнущей Империи, Джедаи теряют контроль над галактикой, а Падме готовится к тому, чтобы стать матерью. Все эти события будут разворачиваться на фоне грандиозной битвы, знаменующей финал Клонических войн…