Скуби Ду и Меч Самурая и их тайная команда путешествуют по всему миру, чтобы найти какой-нибудь клад, делают круги по Азии и Европе, пытаясь разобраться в древних загадках. Они соревнуются против сильного Черного Самурая и его Армии приведений, чтобы найти Меч Судьбы, ведь именно этот меч удостоен неземных сил. По дороге Скуби Ду и Шагги встречают Мастера Мечей, который учит их Бошидо - пути самурая. Их способности быстро придут в действие против Нинзей Роботов. И в конце, наши измотанные герои понимают, что Бошидо - это лояльность, честь и храбрость, и именно эти понятия, являются ключом к настоящей тайне...