Где-то среди льдов Гренландии затерялась исследовательская станция Alpha Polaris. В небе над ней разразилась невиданной силы ионная буря, из-за которой самые жуткие ночные кошмары стали реальностью.

Спустя три года после событий оригинальной игры, происходивших в Черноруссии, в Зеленоморском регионе появилась новая горячая точка: на этот раз вооруженный конфликт вспыхнул в Такистане. В охваченную войной среднеазиатскую республику направлен ограниченный контингент вооруженных сил США и НАТО с целью быстрого восстановления порядка и предотвращения дальнейших жертв среди мирного населения.